2003/04: E’ il primo campionato per Raffaele Trapani che, insieme ad altri amici, rileva il titolo ed appronta un piano triennale che deve portare la Paganese in serie C. La squadra viene affidata a Vittorio Belotti che è uomo di fiducia del direttore generale Cocchino D’Eboli. La società non lesina acquisti. Vengono ingaggiati elementi di grande valore tecnico, come Genco, Vitaglione, Marcosano, Castellano, Luciano, Cangiano ed il brasiliano Theodoro.
Ma l’inizio del campionato è disastroso. La squadra azzurrostellata perde due incontri consecutivi in casa che fanno scemare l’interesse del pubblico. Bastano poche partite perché si pensi a cambiare la guida tecnica. Viene esonerato Belotti e viene ingaggiato Pasquale Santosuosso che ben conosce la piazza di Pagani per avervi giocato negli anni Settanta. Ma Santosuosso non può andare in panchina perché deve scontare una squalifica inflittagli nel campionato precedente ed ecco che i dirigenti, anche sulla scorta di risultati non corrispondenti alla attese, richiamano in panchina Vittorio Belotti. La squadra finirà il campionato al settimo posto.

2004/05: Al secondo tentativo, il presidente Trapani fallisce di poco il bersaglio. Con la guida tecnica di Cosimo De Feo, la squadra resta in lizza per la vittoria del campionato fino al termine. La formazione azzurrostellata non fallisce gli appuntamenti più importanti del girone ma, per uno strano scherzo del destino, viene sconfitta o perde punti determinanti proprio contro le squadre che saranno retrocesse a fine stagione. La gara finale con il Modica in casa ha un sapore diverso da quello che gli sportivi locali si attendevano; arriva quando i punti di distacco tra le due formazioni non consentono più agganci o scavalcamenti in classifica.. Si punta allora alla disputa dei play-off. A Siracusa la Paganese viene sconfitta per 3 a 1. Nel ritorno gli azzurrostellati compiono un miracolo: vincono 4 a 2 e passerebbero il turno ma un provvedimento del Giudice sportivo assegna la vittoria al Siracusa per 0 a 3 per presunti incidenti ai danni della squadra aretusea. Penalizzazione di risultato e squalifica del campo. Una lunga squalifica da scontare nel campionato successivo, che sarà poi opportunamente ridotta in sede di ricorso.